[Главный сюжет]
Всем известно, что Мадара направил Девятихвостого Демона-Лиса Кьюби на Коноху. Четвертый Хокагэ пожертвовал своей жизнью, чтобы спасти деревню. Он умер, но успел запечатать Демона в теле только-что родившегося сына...
Его имя Узумаки Наруто. С того, как в нём запечатали Кьюби прошло двенадцать лет. Он был неудачником, но являлся очень упорным подростком. Наруто никогда не сдавался. Он верил, что когда-нибудь станет Хокагэ, это было его заветной мечтой. Мечтой, к которой он стремится всю свою жизнь.
Беззаботное детство всегда летит быстро. Прошло еще несколько лет. Таинственная организация Акацуки, в составе которой: мечник, предатель клана Учиха, два бессмертных, кустоподобный шпион, подрывник, кукловод, змеиный саннин, а также таинственный Лидер и его помощница. Так вышло, что саннин Орочимару покинул эту организацию и основал своё селение Отто. Цель Акацуки: захватить всех девятерых биджу (так называемые "хвостатые демоны", а джинчурики - их носители). Однохвостый биджу стал их первой целью. За ним отправили двух "артистов": подрывника Дейдару и кукловода Сасори. Гаара был схвачен, а биджу из него вытащили. Наруто и его друзья нашли Кадзекаге мертвого, но Чиё оживила его ценой своей собственной жизни.
Сасори был убит, Организация постепенно уменьшалась. Однако, Зецу знакомится с Тоби. Никто не подозревает, что этот глупый подросток на самом деле притворяется, под его маской скрывается новый лидер. Его имя - Учиха Мадара.
Мадара создает организацию "Крылья Смерти", цель которых - уничтожение  Конохи, Суны и Отто. Так же Учиха воскрешает Сасори Красного Песка, но кукловод остается в организацие Акацуки, не желая присоединяться к Мадаре.
[Сюжет по селениям]
Коноха: Коноха растет, но неожиданно в селение приходит... сам Забуза. После некоторого время переговоров с Хокаге, его прощают, и он становится шиноби Конохи, но на самом деле Забуза - шпион Мадары. Наруто, Сай, Сакура и Ямато посланы на миссию, чтобы вернуть Саске.
Суна: После того, как Гаара потерял своего биджу, его перестали бояться, стали уважать еще больше. В Суне появляется новый житель - Хаку. О том, что он - помощник Забузы, в Суне никто не знает. Разумеется, Хаку - шпион "Крыльев Смерти". Гаара что-то начинает подозревать и приказывает внимательно следить за Хаку.
Кири: Забуза и Хаку были мертвы, но Мадара каким-то новым дзюцу воскрешает обоих. Дуэт скрытого тумана присоединяется к "Крыльям Смерти" и становятся шпионами этой организации.
Ото: Орочимару до сих пор горит желанием разрушить Коноху. Он воскрешает Пятерку Звука, а так же всех погибших слуг, чтобы приготовить армию к походу на Коноху. Главным в его войске будет Саске, но молодой Учиха сбегает, собирает отряд (Карин, Джууго, Суйгецу) и отправляется на поиски Итачи.
Акацки: Мадара оставляет Лидера за главного, а сам становится участником организации, но в лице глупого Тоби. Какудзу восстанавливает Дейдаре обе руки. Хидан и Какудзу посланы в Кумо, чтобы схватить Нии Югито, а Итачи покидает организацию, чтобы убить Саске. Разумеется, это всего лишь отговорка. На самом деле он тоже присоединяется к "Крыльям Смерти".
Крылья Смерти: Мадара собирает организацию, чтобы противостоять Конохе, Суне и Ото.  На данный момент организация состоит из: Мадара, Итачи, Хаку, Забуза. (Принимаются неканоны)